Parece claro que Montilla fue una de las primeras áreas vinícolas de Andalucía, ya que su origen se remonta al siglo VIII a.C. Hasta la época medieval los vinos se embarcaban para su exportación por el Guadalquivir. Después de que los descubriera Felipe IV, se consumieron también en la corte.
La categoría de D.O. fue alcanzada en 1945. Desde 1999 se le ha permitido usar en Europa los términos tradicionales utilizados por los viticultores. Así pues, los términos fino, oloroso, e incluso amontillado, que estaban reservados a los vinos de Jerez, han aparecido en las botellas de esta D.O. por primera vez desde los años sesenta.