Ya en el medievo, cuando Navarra se convirtió en un poderoso reino independiente estrechamente unido a Francia, los viñedos prosperaron aún más, en parte para satisfacer la demanda de los peregrinos que realizaban el Camino de Santiago. En el siglo XII, las guías de los peregrinos recomendaban el vino de Navarra y lo consideraban como “excelente”. También comenzó a exportarse y se convirtió, por ejemplo, en uno de los favoritos de Catalina La Grande de Rusia.
Hacia finales del siglo XVIII, la viticultura ya era la principal actividad agrícola de Navarra. Sin embargo, en 1855, enfermedades como el oidium hicieron que los viñedos disminuyeran significativamente, tres años después de que esta enfermedad afectara sobremanera a los viñedos de Burdeos (Francia). Posteriormente, en el año 1892 y de una forma más severa, la filoxera causó serios estragos destruyendo más del 98% de las 49.213 hectáreas de viñedos existentes. Tan grave fue la situación que la administración tuvo que subvencionar una nueva replantación a partir de raíces americanas, más resistentes a las enfermedades. Gracias a estas medidas, los viñedos comenzaron a extenderse de nuevo.
En los comienzos del siglo XX nacieron en Navarra algunas de las primeras cooperativas de España, que monopolizaron durante años la producción y la exportación de grandes cantidades de vino a granel. Después de 1980, el mejor vino comenzó a ser embotellado por cooperativas y bodegas privadas, lo que supuso un considerable cambio en su calidad e identidad.
La nueva imagen de la zona, la creación de nuevas bodegas, estudios y experimentación con variedades mejorantes, renovación de infraestructuras y la calidad final obtenida, son algunas de las claves que explican el empuje alcanzado por sus caldos en los últimos tiempos.