En el siglo XVIII el área de viñedos era más extensa que hoy y estaba plantada exclusivamente con Verdejo. El éxito del vino se debió, en parte, a la clarificación mediante la arcilla local, que producía un caldo muy limpio y duradero. Los vinos de Rueda tuvieron un éxito comercial más que considerable hasta que la filoxera destruyó dos terceras partes de los viñedos entre 1909 y 1922. La zona se replantó con vides escogidas más por criterios de productividad que de calidad. La uva Palomino reemplazó a la Verdejo, la predominante hasta entonces, y los vinos jóvenes hechos a partir de esta nueva variedad eran vendidos al por mayor.
La idea de crear una D.O. surgió por primera vez en 1935. En 1972, la bodega riojana Marqués de Riscal decidió establecerse en la zona para hacer vinos blancos jóvenes y frescos con la uva autóctona Verdejo, dando así comienzo a una nueva era en la que se replantó una gran zona de viñedos. Así, Rueda consiguió por fin la D.O. en 1980.